Как добавили Носредна в комментарии, они, похоже, получили возможность отразить это изменение в своих более новых версиях фреймворка.
Посмотрите на этот вопрос , чтобы получить представление от appcelerator, найденного о том, как работает фреймворк. Я понимаю это как процесс компиляции, который не оставит следов ваших js-файлов в пакете.