Это хорошая идея. С Sqlite очень приятно работать!
Но помните старый трюизм (я не могу получить авторитетный ответ от Google о том, откуда он был изначально), что хранение ваших данных в реляционной базе данных похоже на парковку вашего автомобиля, вождение его в гараж, разборка и положить каждый кусок в маркированный шкаф.
Геометрические данные, состоящие из точек, линий и сегментов, которые ссылаются друг на друга по имени, являются хорошим кандидатом для хранения в таблицах базы данных. Но когда вы начинаете иметь составные объекты с иерархией подкомпонентов, может потребоваться намного меньше кода только для того, чтобы использовать сериализацию и сохранять / загружать модель одним вызовом.
Так что это тоже было бы неплохо.
Но сериализация в MFC - это не столько выигрыш, сколько, скажем, в C #, так что в итоге я бы пошел дальше и использовал SQL.