Согласно вашему описанию, кто-то / другие могут удалить ветку на стороне сервера. VSTS не будет автоматически удалять вашу ветку.
Вы можете дважды проверить это с помощью опции search , введите здесь название вашей ветви, например, Develop.
Если состояние ветки удалено, вы можете выбрать опцию ... и выбрать восстановить ветку, наконец синхронизировать локальные изменения с репо сервера.
Еще одна возможность, вы выбрали неправильный удаленный репо. Вы можете подтолкнуть ветку к другому репо, чем тот, который вы выбрали сейчас.