Преобразуйте ответ вашего сервера из простого HTML в объект и включите общее количество сообщений в этом чате:
{ html: "yourHtml", messagesCount: yourMessagesCount }
, затем в javascript сравните старый счетчик с полученным счетчиком и, если он равен true, обновите содержимое
if(oldMessages < response.messagesCount)
также обновляет содержимое, только если появляются новые сообщения, иначе вы перерисовываете страницу и тратите ресурсы, если ничего нового не происходит:)