Участок батиметрии и береговой линии с использованием ggplot2 и marmap

Question

Я оглянулся и не нашел хорошего решения для своей цели. Я хочу построить некоторые данные на графике долготы / широты, используя ggplot2 и береговую линию плюс батиметрия с marmap, все на одном графике.

Этот скрипт предназначен для построения mydata

ggplot(data = ctd, aes(x = Longitude, y = Latitude)) +
  geom_raster(aes(fill = Temp)) +
  scale_fill_gradientn(colours = rev(my_colours)) +
  geom_contour(aes(z = Temp), binwidth = 2, colour = "black", alpha = 0.2) +

  #plot stations locations
  geom_point(data = ctd, aes(x = Longitude, y = Latitude),
             colour = 'black', size = 3, alpha = 1, shape = 15) +

  #plot legends
      labs(y = "Latitude", x = "Longitude", fill = "Temp (°C)") +
      coord_cartesian(expand = 0)+
      ggtitle("Temperature distribution") 

Использование marmap Скачиваю батиметрию

library(marmap)
Bathy <- getNOAA.bathy(lon1 = 37, lon2 = 38.7,
                       lat1 = -45.5, lat2 = -47.3, resolution = 1)

Результат, который я хотел бы получить, - это распределение mydata на Lon / Lat с землей, окрашенной в черный цвет плюс серые линии для батиметрии.

Answer 1

Ну, для этого есть функция marmap. Это называется autoplot.bathy(). Вы проверили это файл справки?

library(marmap) ; library(ggplot2)

library(marmap)
Bathy <- getNOAA.bathy(lon1 = 37, lon2 = 38.7,
                       lat1 = -45.5, lat2 = -47.3, resolution = 1)

ctd <- data.frame(Longitude = c(37.5, 38, 38.5), Latitude = c(-47, -46.5, -46))

autoplot.bathy(Bathy, geom=c("tile","contour")) +
    scale_fill_gradient2(low="dodgerblue4", mid="gainsboro", high="darkgreen") +
    geom_point(data = ctd, aes(x = Longitude, y = Latitude),
               colour = 'black', size = 3, alpha = 1, shape = 15) +
    labs(y = "Latitude", x = "Longitude", fill = "Elevation") +
    coord_cartesian(expand = 0)+
    ggtitle("A marmap map with ggplot2") 

Или с базовой графикой (и правильным соотношением сторон):

# Creating color palettes
blues <- c("lightsteelblue4", "lightsteelblue3", "lightsteelblue2", "lightsteelblue1")
greys <- c(grey(0.6), grey(0.93), grey(0.99))

# Plot
plot(Bathy, image = TRUE, land = TRUE, n=30, lwd = 0.1, bpal = list(c(0, max(Bathy), greys), c(min(Bathy), 0, blues)), drawlabels = TRUE)

# Add coastline
plot(Bathy, deep = 0, shallow = 0, step = 0, lwd=2, add = TRUE)

# Add stations
points(ctd, pch=15, cex=1.5)

Answer 2

Вот подход:

получить данные баня:

library(marmap)
Bathy <- getNOAA.bathy(lon1 = 37, lon2 = 38.7,
                       lat1 = -45.5, lat2 = -47.3, resolution = 1)

преобразовать его в матрицу:

Bathy <- as.matrix(Bathy)
class(Bathy) <- "matrix"

Теперь измените его на длинный формат и выведите на экран

library(tidyverse)

Bathy %>%
  as.data.frame() %>%
  rownames_to_column(var = "lon") %>%
  gather(lat, value, -1) %>%
  mutate_all(funs(as.numeric)) %>%
  ggplot()+
  geom_contour(aes(x = lon, y = lat, z = value), bins = 10, colour = "black") +
  coord_map()