ОК, думаю, я понял, почему оно обновляет отключенное приложение.
Я полагаю, что это связано с тем, когда я вошел в учетную запись Google на устройстве и когда я запустил свой пакетный файл. Если я войду в учетную запись Google перед запуском пакетного файла, он, похоже, скажет Google Play Store отключить автообновления в приложениях, которые отключает мой пакетный файл. Если я запустил пакетный файл до того, как войти в учетную запись Google, Play Store будет недоступен, поэтому автоматическое обновление не будет отключено. Поэтому, когда я захожу в учетную запись Google и обновляю приложения, отключенные приложения, которые получают обновления, снова включаются.