Я предполагаю, что вы делаете что-то подобное в Javascript, чтобы открыть всплывающее окно:
<input type="submit" onclick="window.open('...');" ... />
Все, что вам нужно сделать, это добавить «return false;» до конца вашего вызова Javascript, чтобы предотвратить обратную передачу, оставив вам что-то вроде:
<input type="submit" onclick="window.open('...'); return false;" ... />