Насколько я знаю, вы должны использовать объект ScriptScope, который вы создаете из объекта ScriptEngine, используя метод CreateScope
ScriptEngine engine = ScriptRuntime.Create().GetEngine("py");
ScriptScope scope = engine.CreateScope();
Затем вы можете делить переменные между программой на C # и скриптом python, выполнив это
scope.SetVariable("x", x);