Когда я устанавливаю свое приложение через XCode, App Store больше не распознает, что приложение установлено. Это затрудняет проверку таких вещей, как глубокие ссылки.
Я подтвердил, что мой Идентификатор комплекта продукта одинаков для Отладки и Выпуска (он отличается для AdHoc, но это не должно иметь значения в этом случае). При загрузке из App Store не добавляется второе приложение, оно просто обновляет предыдущее приложение.