Вот команда ffmpeg, которую вы должны выполнить,
ffmpeg -i video -i image -filter_complex "[1][0]scale2ref[img][vid];[vid][img]overlay" -preset ultrafast out.mp4
Фильтр scale2ref изменяет размер изображения в соответствии с размерами видео. Наложение может произойти при (0,0).