Чтобы ваша задача работала, вы не должны рисовать под существующим контентом (чтобы контент мог просто покрыть ваш знак), а вместо этого над им. И чтобы исходный контент просвечивал, вы должны использовать соответствующий режим наложения:
PdfContentByte canvas = stamper.getOverContent(1);
canvas.saveState();
PdfGState state = new PdfGState();
state.setBlendMode(new PdfName("Multiply"));
canvas.setGState(state);
canvas.setColorFill(BaseColor.YELLOW);
canvas.rectangle(36, 786, 66, 16);
canvas.fill();
canvas.restoreState();
stamper.close();
( MarkContent test)
Вы не поделились своим PDF-файлом, поэтому мне пришлось попробовать PDF-файл, который есть у меня здесь. Используя правильно измененную позицию и размер прямоугольника, код помечает это
чтобы выглядеть так: