Если вы запускаете свою программу в первый раз, в точке нет узлов, вам нужно сначала проверить сетку
if(grid.getChildren().size() < i && grid.getChildren().get(i) != null)
grid.getChildren().remove(i);
или если вы уверены, что этот узел существует, вы можете использовать
grid.getChildren().remove(grid.getChildren().get(i));
или если у вас есть ссылка на узел, используйте вместо этого
grid.getChildren().remove(node);
далее больше, если у вас есть конкретное значение узла, вы можете использовать
grid.getChildren().removeIf( node -> return node.something == ... )