Использовали ли вы опцию сохранения при установке?
npm install create-react-app --save
Возможно, вы установили npm где-то, отличное от того, где вы вызываете список npm. В этом случае попробуйте:
npm list -g
В зависимости от пользователя вам может потребоваться выполнить sudo эти команды в Linux.