Вы можете написать собственный скрипт для сборки плеера, который также копирует файлы для вас. Вот непроверенный код, который вам поможет:
string[] scenes = { "Assets/myScene.unity" };
BuildPipeline.BuildPlayer(scenes, "Build/game.unity3d", BuildTarget.StandaloneWindows,
BuildOptions.BuildAdditionalStreamedScenes);
File.Copy(sourceFile, Path.Combine("Build", sourceFileName));//Copy your desried files