Параметры являются просто плоскими элементами значения ключа и не могут быть вложенными. Это написано в документации Symfony
Вы должны определить отдельный ключ для каждого параметра. Соглашение состоит в том, чтобы использовать точку для разделения пространств имен. Точка не делает его массивом, но облегчает его чтение.
database.driver: pdo_mysql
database.host: localhost
database.user: dev
database.password: dev
database.dbname: dev
Затем параметры доступны точно так, как вы хотите:
url: 'mysql://%database.user%:%database.password%@%database.host%:%database.port%/%database.dbname%'