Я получаю ту же проблему, описанную в этом вопросе: Веб-приложение Intellij на сервере Tomcat показывает http://localhost:8080/index.jsp вместо http://localhost:8080/myapp/index.jsp Но в Затмении. Я не могу настроить URL-адрес для открытия правильного index.jsp, и это не тривиально, как сделать это в Eclipse из этого ответа.
Итак, проблема была в неправильной конфигурации, которую я мог сделать в процессе, но не смог найти. Я решил проблему, просто перезапустив новый проект и скопировав туда свои файлы. К тому времени проблема исчезла.