Использование контроллера навигации не влияет на пользовательские настройки по умолчанию. В любом месте приложения вы можете позвонить
let defaults = UserDefaults.standard
Затем вы можете написать значения по умолчанию, позвонив по номеру
defaults.setValue(value, forKey: "key")
И позже получить это значение, выполнив
let savedValue = default.value(forKey: "key")
В зависимости от того, что вы используете для входа в систему, вам нужно будет решить, что нужно сохранить и получить, а также где и когда это должно произойти