Если вы используете стандартный csproj, обратите внимание, что файлы и ссылки могут быть условными - то есть только в некоторых конфигурациях. Вы должны сделать все возможное, чтобы сделать это (VS IDE не позволяет вам сделать это - только путем прямого редактирования файла), поэтому это кажется маловероятным, но это возможность .
К сожалению, довольно сложно исследовать без конкретных примеров.