Да, теперь вы должны вручную удалить ненужные зависимости из ваших файлов .gradle, более того, вы храните зависимости вашего проекта в файлах поддержки вне файлов .gradle, чтобы система Android Studio не могла распознать тот факт, что зависимости уже добавлены в проект.
Возможно, в будущем он будет добавлен в IDE, но теперь вы должны сами управлять файлами зависимостей.
Удачного кодирования!