Странным образом это разумное поведение со стороны PowerPoint, хотя оно, безусловно, кажется странным.
Фигуры в главном макете отображаются на любом слайде на основе этого макета. Хотя они отображаются на слайде, они не доступны для редактирования на слайде; это как если бы слайд был прозрачным слоем над макетом, к которому вы можете добавить больше материала, но вы не можете «проникнуть», чтобы добраться до материала на макете ниже.
Заполнители - это особый случай, и, по-видимому, такие элементы управления ActiveX, как ваши флажки, допускают редактирование. Итак, что происходит, когда вы меняете текстовое поле, вы изменяете текстовое поле на макете, а не на самом слайде (флажок даже не существует на слайде ... вы не можете выбрать и переместить его например, в обычном режиме, если только вы не перейдете к макету в режиме основного вида).
Когда вы меняете флажок, вы изменяете флажок на макете, и поскольку флажки появляются на любом слайде, основанном на макете, при изменении флажка вы меняете один на макете, ВСЕ из слайды, основанные на этом макете, получают измененные флажки.
Некоторые слегка хитрые VBA могут просматривать каждый слайд, и, если он основан на макете, содержащем флажки, скопируйте их на текущий слайд из макета и, наконец, сделайте флажки на макете невидимыми.
Более простое решение может состоять в том, чтобы предоставить образец слайда с флажками на слайде и позволить пользователям копировать / вставлять его в свои презентации.
[позже]
Я сообщил об этом MS как не столько об ошибке, сколько о недосмотре дизайна; поведение может иметь смысл, но оно бесполезно и может вводить пользователей в заблуждение (как вы хорошо знаете).
Я бы посоветовал вам посетить https://powerpoint.uservoice.com и предположить, что объекты ActiveX в мастерах / макетах ведут себя больше как заполнители ... порождают новые экземпляры самих себя, когда добавляется новый слайд на основе макета, а не пользователь ДУМАЕТ, что это то, что произошло.