Вы можете использовать flatMap:
Flux<A> fluxA = //...;
Flux<B> fluxB = sampleFlux.flatMap(elem -> fetchDataFromRemoteService(elem));
где fetchDataFromRemoteService (A a) возвращает Publisher.
Или вы можете использовать Flux # concatMap:
Flux<A> fluxA = //...;
Flux<B> fluxB = sampleFlux.concatMap(elem -> fetchDataFromRemoteService(elem));
Разница между flatMap и concatMap заключается в том, что во втором случае все действия будут следовать друг за другом.
Или:
Stream<B> streamB = Flux.fromStream(streamA)
.flatMap(this::fetchDataFromRemoteService)
.toStream();