Я полагаю, вы используете Windows?
если это так, вы не можете установить правильную форму напрямую через pip
вот шаги:
- перейдите на этот сайт и загрузите нужную версию shapely
- запустить этот скрипт
pip install Shapely‑1.6.4.post1‑cp36‑cp36m‑win_amd64.whl
здесь я собираюсь установить Shapely
версию 1.6.4 для python 3.6 , работающую в Windows 64bit