Вы можете буквально использовать любой код Flex в AIR - наиболее неизбежные различия - это корневой тег приложения, то есть WindowApplication, и более широкий выбор доступных методов. AIR - это всего лишь платформа, на которой работает Flex, а не альтернатива или что-либо еще.
После создания нового проекта AIR вы можете проверить файл MyTest-app.xml (или любое другое имя вашего приложения) в папке src. Здесь, например, находятся некоторые свойства нового окна, созданного операционной системой.
Что касается инструментов, вы захотите установить среду выполнения AIR, если у вас ее еще нет, но кроме нее и Flex Builder все готово!