Архив текущего репо в основной версии, скажем, 1.0 -> 2.0. Создайте новый репо только с файлами проекта и пометьте старый как только для чтения. Таким образом, у вас все еще есть история в архиве, но начните со свежего маленького репо.
Это может не сработать, если вам нужно поддерживать несколько версий (клиенты по-прежнему используют предыдущие версии, какие исправления необходимо перенести в текущую версию).