Я изо всех сил пытаюсь написать функцию fun2 , которая использует fun1 ... и продолжает получать ошибки. Я написал упрощенный пример ниже. Это первый раз, когда я имею дело с «аккуратной оценкой» и не уверен, что понимаю все ее плюсы.
Пример кадра данных:
d1 = data.frame(
ID = c("A", "A", "A", "B", "B", "C", "C", "C", "C"),
EXPR = c(2, 8, 3, 5, 7, 20, 1, 5, 4)
)
d2 = data.frame(
ID = c("A", "B", "C"),
NUM = c(22, 50, 31)
)
Первая функция
fun1 <- function(
df1 = "df 1",
df2 = "df 2",
t1 = "threshold 1",
expr_col = "expr column",
id_col = "sample column - must be present in df1 and df2") {
# dataframes
df <- df1
db <- df2
# quosure
enquo_id <- enquo(id_col)
enquo_expr <- enquo(expr_col)
# classify
df <- df %>%
mutate(threshold = t1) %>%
mutate(class = ifelse(!!enquo_expr > t1, "positive", "negative")) %>%
mutate(class = factor(class, levels = c("positive", "negative")))
# calculate sample data
df.sum <- df %>%
group_by(!!enquo_id, class) %>%
summarise(count = n()) %>%
complete(class, fill = list(count = 0)) %>%
mutate(total = sum(count), freq = count/total)
# merge dataframes
df.sum <- left_join(df.sum, db, by = quo_name(enquo_id))
# return
return(df.sum)
}
Если я выполню тест этого, я получу в ответ фрейм данных, как и ожидалось
test <- fun1(df1 = d1, df2 = d2, t1 = 3, expr_col = EXPR, id_col = ID)
Вторая функция
Теперь с fun2 я пытаюсь использовать fun1 в цикле for для итерации от ti до tf вектора seq:
fun2 <- function(
df1 = "df 1",
df2 = "df 2",
expr_col = "expr column",
id_col = "sample column - must be present in df1 and df2",
ti = "initial value",
tf = "final value",
res = "resolution") {
# define variables for fun1
var1 <- enquo(d1)
var2 <- enquo(d2)
var3 <- enquo(t1)
var4 <- enquo(EXPR)
var5 <- enquo(ID)
# get sequence of values
seq <- seq(from = ti, to = tf, by = res)
# open list
t.list <- list()
# Loop ----
for (i in seq_along(seq)){
t1 <- seq[i]
t.list[[i]] <- fun1(df1 = var1,
df2 = var2,
t1 = var3,
expr_col = var4,
id_col = var5)
}
df.out <- plyr::ldply(t.list, rbind)
### Return ---
return(df.out)
}
Но если я запущу это
test <- fun2(df1 = d1, df2 = d2, expr_col = EXPR, id_col = ID, ti = 1, tf = 10, res = 1)
Я получаю сообщение об ошибке
Error in (function (x) : object 'EXPR' not found
Я пробовал разные вещи ... и я застрял здесь. Я полагаю, что не правильно использую enquo () . Я могу заставить его работать, не используя varX и вставляя непосредственно фактическое соответствующее имя каждого элемента в аргументы fun1 , но весь смысл сделать это, для меня, состоит в том, чтобы сделайте его " generalisable " и, следовательно, укажите аргументы только в fun2 , которые затем будут переданы в fun1 .
Любая помощь будет принята с благодарностью.