Если вы откроете папку, терминал должен открыться в корне этой папки. Так что где-то может быть неправильная конфигурация.
Но если вы хотите указать папку:
// An explicit start path where the terminal will be launched, this is used as the
// current working directory (cwd) for the shell process. This may be particularly
// useful in workspace settings if the root directory is not a convenient cwd.
"terminal.integrated.cwd": "",