Помимо необходимости фактически запускать интерпретатор python, нет. Таким образом, вашему последнему примеру потребуется некоторое время, прежде чем MyBinary
проанализировать и запустить программу python, и некоторое небольшое время после его завершения для завершения программы python. И программа python будет существующим процессом, который займет pid и некоторое количество памяти.
Таким образом, скорость работы одной долгоиграющей программы не будет затронута. Однако, если вы запустите свой исполняемый файл тысячи раз, любая дополнительная упаковка, будь то Python или что-то еще, будет стоить.