Вы действительно не можете удалить Repair из установки установщика Windows, особенно в той, что была сгенерирована Visual Studio. Например, что бы вы ни делали, вы не можете удалить правую кнопку «Восстановить» в файле MSI. Вы должны исправить основную проблему, которая заключается в том, что (предположительно) у вас есть код в кастоме для запуска службы, которая не использует полностью правильное условие при вызове. Либо это, либо код предполагает, что он будет вызываться только тогда, когда служба только что установлена и не работает.
Другими словами, это XY проблема , потому что фактической проблемой является некоторый код, который должен проверять, что служба уже установлена и работает (либо с условиями настраиваемого действия, либо с кодом), но вы спрашиваете как реализовать предложенное решение по избавлению от функции установщика Windows.