Я думаю, что эта проблема связана с используемым форматером, а не с действием Organize Imports
как таковым.
Опции форматирования доступны в Window > Preferences > Java > Code Style > Formatter
. При редактировании профиля есть вкладка с именем Blank Lines
и параметр Between import groups
, который может оказаться полезным.
Если для этого параметра установлено значение 1, действие Organize Imports
вставляет пустую строку между группой import
и группой import static
.