Чтобы ответить на ваш вопрос, вам нужно немного больше понять, как упакован Spring Boot Started.
В POM вашего проекта инициализатора вы увидите, что для JPA добавлено следующее:
<dependency>
<groupId>org.springframework.boot</groupId>
<artifactId>spring-boot-starter-data-jpa</artifactId>
</dependency>
Это не физический jar-файл, а набор других библиотек, добавленных в другой файл POM. (Вы можете перейти к исходному файлу)
В POM spring-boot-starter-data-jpa вы увидите, что Hibernate уже добавлен в качестве зависимости.
<dependency>
<groupId>org.hibernate</groupId>
<artifactId>hibernate-core</artifactId>
<version>5.2.17.Final</version>
</dependency>
Таким образом, у вас уже есть зависимости гибернации, добавленные в ваш проект.
Во-вторых, пожалуйста, посмотрите на
https://www.callicoder.com/spring-boot-rest-api-tutorial-with-mysql-jpa-hibernate/
Это руководство, которое использует JPA Spring-Boot и показывает, как его настроить.