MD5 должно быть в порядке, столкновения очень редки, но если вы действительно беспокоитесь, вы также можете использовать sha-1.
Хотя я полагаю, что подписи на самом деле не такие большие, поэтому, если у вас есть свободные циклы обработки и дисковое пространство, вы можете сделать и то, и другое. Но если пространство или скорость ограничены, я бы просто пошел с одним.