Сохранение объекта Python - PullRequest
Новая
       34

Сохранение объекта Python

0 голосов
/ 01 сентября 2018

Я хочу сохранить объект («кластеризация») следующего типа, чтобы использовать его позже. Объект имеет тип 

<class 'pyemma.coordinates.clustering.kmeans.KmeansClustering'>

Я пытался использовать pickle, но загруженный объект приводит к ошибке. 

n_clusters = 3
clustering = coor.cluster_kmeans(Y, k=n_clusters, max_iter=100, tolerance=1e-10, fixed_seed=True)    
with open("clustering.file", "wb") as f:
    pickle.dump(clustering, f, pickle.HIGHEST_PROTOCOL)
with open("clustering.file", "rb") as f:
    clustering=pickle.load(f)
clustering.save_traj()
dtrajs = clustering.dtrajs  # get discrete trajectories

Это ошибка: 

  File "pyemma_dG.py", line 102, in <module>
    dtrajs = clustering.dtrajs  # get discrete trajectories
  File "/home/local/andtos-loc/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/pyemma/coordinates/clustering/interface.py", line 101, in dtrajs
    self._dtrajs = self.assign(stride=1)
  File "/home/local/andtos-loc/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/pyemma/coordinates/clustering/interface.py", line 217, in assign
    mapped = self.get_output(stride=stride, chunk=self.chunksize, skip=skip)
  File "/home/local/andtos-loc/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/pyemma/coordinates/data/_base/transformer.py", line 182, in chunksize
    return self.default_chunksize
  File "/home/local/andtos-loc/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/pyemma/coordinates/data/_base/iterable.py", line 74, in default_chunksize
    if self._default_chunksize is None:
AttributeError: 'KmeansClustering' object has no attribute '_default_chunksize'
...