Хотя App Engine работает на виртуальных машинах, это не означает, что вы должны полагаться на изменение их разрешений. Помните, что App Engine - это управляемая виртуальная машина, это означает, что даже если вы сделаете папки доступными для записи в экземпляре, если App Engine масштабируется или будет уничтожать измененный вами экземпляр, вам нужно будет внести изменения в новые экземпляры (что ты не должен был делать).
Я бы порекомендовал вам использовать Compute Engine с группой управляемых экземпляров, чтобы решить эту проблему, так как это было бы более практично, чем смешиваться с каждым экземпляром, который создается для вашего приложения.