Да, это плохо. Когда вы используете свой 100% ЦП, MySQL по-прежнему будет отвечать на ваш запрос, но на стороне клиента отнимает слишком много времени, и пользователи будут испытывать медленное соединение из-за очереди по запросу на блокировку и освобождение.
Я предлагаю вам, что вы можете разделить и запустить эту тяжелую работу на небольших работах. или запустить, когда нагрузка на вашу систему низкая, например, в полночь.