вам нужно использовать jframes? почему не jdialogs? (диалоговое окно (которое может всплыть) не должно быть модальным.
если у вас есть два разных кадра, это может сделать происхождение (какое окно принадлежит какому кадру) чем-то, что вам нужно отслеживать более усердно.
расскажите, пожалуйста, подробнее, чего вы пытаетесь достичь; это поможет в выборе правильных виджетов, которые будут использоваться. если что-то сложно сделать / кодировать на качелях, то, вероятно, есть более простой способ с другими виджетами / компонентами, imho.
удачи!