Как порядок, так и размещение ваших тегов <link> (CSS) и <script> (Javascript) не верны. Это вызывает такие сдвиги при рендеринге страницы - загрузка таблицы стилей задерживается загрузкой javascript, а стили CSS не там, где их ищет браузер.
Сначала переместите все ссылки на таблицы стилей CSS на <head> вашей страницы - сейчас они находятся в <body>. Если это не решает проблему, переместите все свои теги <script> с <head> непосредственно перед закрывающим тегом </body>.