Может быть, если вы попробуете это так
cat myfile | sed 's/\n/\r\n/g' > myfile.win
сработает. Насколько я понимаю, вы просто делаете замены для вывода на консоль, вам нужно перенаправить вывод в файл, в данном случае myfile.win, тогда вы можете просто переименовать его так, как хотите. Весь сценарий будет (запущен в каталоге, полном файлов такого типа):
#!/bin/bash
for file in $(find . -type f -name '*')
do
cat $file | sed 's/\n/\r\n/g' > $file.new
mv -f $file.new $file
done