Внешние ключи в MyISAM предназначены только для ознакомительных целей. Вы можете посмотреть на них, чтобы увидеть, где будет ссылочная целостность , если таковая имеется. Так проще понять схему, чем угадывать отношения, взглянув на индексы, созданные как побочный эффект.
Я не знаю, почему он исчез в phpMyAdmin, если только это не проблема конфигурации (я думаю, что представление может быть отключено)?