Я бы сначала проверил сгенерированный источник, чтобы увидеть, есть ли свойство, а также проверил, что произойдет, если вы добавите свойство вручную, а не программно добавите его через Javascript. Возможно, свойство устанавливается, но вы столкнулись с печально известной ошибкой IE6 z-index ?