Как сохранить промежуточные итерации во время SPMD в MATLAB? - PullRequest
Новая
       56

Как сохранить промежуточные итерации во время SPMD в MATLAB?

0 голосов
/ 02 июля 2018

Я экспериментирую с MATLAB SPDM. Однако мне нужно решить следующую проблему:

  • Я использую довольно длинный алгоритм, и я хотел бы сохранить прогресс на этом пути в случае отключения питания, отсоединения сетевого шнура или ошибки памяти.
  • Цикл содержит 144 итерации, каждая из которых занимает около 30 минут => 72 часа Много проблем может возникнуть в этом интервале. Конечно, на моей машине есть набор инструментов для распределенных вычислений. Компьютер имеет 4 физических ядра. Я запускаю MATLAB R2016a.
  • Я действительно не хочу использовать цикл parfor, потому что я объединяю результаты и имею зависимость между итерациями. Я думаю, что SPMD - лучший выбор для того, что я хочу сделать.

Я постараюсь описать то, что я хочу, как можно лучше: Я хочу иметь возможность сохранять на заданной итерации цикла результаты до сих пор, и я хочу сохранить результаты по рабочим.

Ниже приведен минимальный (не) рабочий пример. Последние четыре строки должны быть помещены в другой файл .m. Эта функция, вызываемая внутри цикла parfor, позволяет сохранять промежуточные итерации. Он работает правильно в других программах, которые я использую. Ошибка в строке 45 (output_save). Так или иначе, я хотел бы «вытянуть» составной объект в «обычный» объект (ячейка / структура).

Я догадываюсь, что я не совсем понимаю, как работают составные объекты и, в особенности, как их можно сохранять в «обычные» объекты (ячейки, структуры и т. Д.). 

% SPMD MWE

% Clear necessary things
clear output output2 output_temp iter kk


% Useful thing that will be used later on
Rorder=perms(1:4);

% Stem of the file to save the data to
stem='MWE_MATLAB_spmd';

% Create empty cells where the results of the kk loop will be stored
output1{1,1}=[];
output2{1,2}=[];

% Start the parpool
poolobj=gcp;

% Define which worker/lab will do which iteration
iterperworker=ceil(size(Rorder,1)/poolobj.NumWorkers);
for i=1:poolobj.NumWorkers
    if i<poolobj.NumWorkers
        itertodo{1,i}=1+(iterperworker)*(i-1):iterperworker*i;
    else
        itertodo{1,i}=1+(iterperworker)*(i-1):size(Rorder,1);
    end
end

%Start the spmd
% try
    spmd
        iter=1;
        for kk=itertodo{1,labindex}
            % Print which iteration is done at the moment
            fprintf('\n');
            fprintf('Ordering %d/%d \r',kk,size(Rorder,1));

            for j=1:size(Rorder,2)
            output_temp(1,j)=Rorder(kk,j).^j; % just to populate a structure
            end
            output.output1{1,1}=cat(2,output.output1{1,1},output_temp);  % Concatenate the results
            output.output2{1,2}=cat(2,output.output1{1,2},0.5*output_temp);  % Concatenate the results

            labindex_save=labindex;

            if mod(iter,2)==0
                output2.output=output; % manually put output in a structure
                dosave(stem,labindex_save,output2); % Calls the function that allows me to save in parallel computing
                end
                iter=iter+1;
            end
        end
    % catch me
    % end


    % Function to paste in another m-file
    % function dosave(stem,i,vars)
    %     save(sprintf([stem '%d.mat'],i),'-struct','vars')
    % end

1 Ответ

0 голосов
/ 03 июля 2018

A Composite создается только вне блока spmd. В частности, переменные, которые вы определяете внутри блока spmd, существуют как Composite вне этого блока. Когда эта же переменная используется внутри блока spmd, она преобразуется обратно в исходное значение. Вот так: 

spmd
    x = labindex;
end
isa(x, 'Composite') % true
spmd
    isa(x, 'Composite') % false
    isequal(x, labindex) % true
end

Таким образом, вы не должны преобразовывать output с использованием индексации {:} - это не Composite. Я думаю, что вы должны просто иметь возможность использовать 

dosave(stem, labindex, output);
...