Я думаю, что все сводится к тому, насколько близко вы можете контролировать среду, в которой будет работать ваше приложение. Если вы создаете часть программного обеспечения, в которой ваш клиент будет «устанавливать» python для запуска вашего программного обеспечения, то вы также можете использовать последнюю версию (Python 3.x). Если вы ориентируетесь на существующие установки Python, тогда лучше выбрать совместимость 2.5 или 2.6, поскольку они более распространены.
Python 3.x является стабильным. Это не проблема. Проблема с этим является совместимостью. Если у вас есть возможность использовать самую последнюю и лучшую версию, вам следует использовать новую версию. Для новых проектов 3.x будет очевидным выбором.