У меня обычно есть
Project Directory
src - actual source
doc - documentation
lib - libraries referenced from source
dep - installation files for dependencies that don't fit in lib
db - database installation script
В работе с Visual Studio я не уверен, работает ли это так же в мире Java. Но я обычно помещаю вещи в разные папки проекта в src. Для каждого исходного проекта есть отдельный тестовый проект. Файлы сборки идут в основной каталог проекта. Я также обычно помещаю README, документирующий, как настроить проект, если ему нужно больше, чем просто проверить.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Это структура для одной рабочей проверки проекта. Он будет продублирован для каждой ветви / тега в вашей системе контроля версий (помните, что в большинстве систем SVN копии дешевы). Приведенный выше пример под Subversion будет выглядеть так:
/project
/trunk
/src
/doc
/...
/branches
/feature1
/src
/doc
/...
/feature2
/src
/doc
/...