как центрировать изображения МРТ

Question

Я работаю на МРТ. Проблема в том, что изображения не всегда центрированы. Кроме того, вокруг тела пациента часто появляются черные полосы.

Я хотел бы иметь возможность удалить черные границы и центрировать тело пациента следующим образом:

Я уже пытался определить края тела пациента, читая таблицу пикселей, но я не придумал ничего очень убедительного.

На самом деле мое решение работает только на 50% изображений ... Я не вижу другого способа сделать это ...

Среда разработки: Python3.7 + OpenCV3.4

Answer 1

Есть несколько способов сделать это, и это ответ - в значительной степени советы и хитрости компьютерного зрения.

Если масса находится в центре, а область снаружи всегда будет черной, вы можете Порог изображение и затем найти краевые пиксели, как вы уже есть. Я бы добавил 10 пикселей к границе, чтобы скорректировать отклонения в пороговом процессе.

Или, если тело всегда имеет одинаковый размер, вы можете найти центр тяжести сгустка (белая область на пороговом изображении), а затем обрезать фиксированную область вокруг него .

Answer 2

Я не уверен, что это стандартный или самый эффективный способ сделать это, но, похоже, он работает:

# Load image as grayscale (since it's b&w to start with)
im = cv2.imread('im.jpg', cv2.IMREAD_GRAYSCALE)

# Threshold it. I tried a few pixel values, and got something reasonable at min = 5
_,thresh = cv2.threshold(im,5,255,cv2.THRESH_BINARY)

# Find contours:
im2, contours, hierarchy = cv2.findContours(thresh,cv2.RETR_TREE,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)

# Put all contours together and reshape to (_,2).
# The first "column" will be your x values of your contours, and second will be y values
c = np.vstack(contours).reshape(-1,2)

# Extract the most left, most right, uppermost and lowermost point
xmin = np.min(c[:,0])
ymin = np.min(c[:,1])
xmax = np.max(c[:,0])
ymax = np.max(c[:,1])

# Use those as a guide of where to crop your image
crop = im[ymin:ymax, xmin:xmax]

cv2.imwrite('cropped.jpg', crop)

В итоге вы получите следующее: