Вы можете сохранить текущее значение счетчика в локальном хранилище (cookie или другие опции, если используете html 5) и при загрузке страницы прочитать его значение и запустить таймер на основании этого.
Эндрю предложил сохранять временную метку каждый раз, когда начинается интервал хранения. Затем при загрузке вы получаете дельту, вычитая текущую временную метку из сохраненной временной метки