Вы используете log4j2 2.9 (или более позднюю версию), который имеет формат jar для нескольких выпусков и содержит специфичные для java 9 файлы .class (например, упомянутый META-INF/versions/9/org/apache/logging/log4j/util/StackLocator.class
), которые старая библиотека asm, включенная в glassfish 4.1, не может понять.
Попробуйте перейти на log4j2 2.8