в vs.net вы можете добавить отладчик ключевых слов в вашу функцию js, с помощью piug-in разработки браузера, как firebug (firefox, т.е. также имеет плагин dev, подобный этому), страница остановится на строка, где вы объявляете отладчик.
например:
<script>
function myFunc()
{
debugger;
//do sth
}
</script>