%timeit
и %%timeit
являются магическими командами Jupyter и работают только внутри IPython / Jupyter. Они не будут работать в PyCharm или в скриптах Python в целом.
Если у вас есть PyCharm Professional, вы можете профилировать свой скрипт, нажав кнопку профиля (справа от кнопок «Выполнить», «Отладка» и «Выполнить с покрытием»).
Если вы этого не сделаете, вы можете рассчитать любой сценарий Python 3, вставив
from datetime import datetime
startTime = datetime.now()
и
print(datetime.now() - startTime)
в конце.