jQuery, вероятно, излишне для этого.
Почему бы просто не добавить в заголовок вашего документа условный оператор, который при желании загружает таблицу стилей с правилами "только для IE-6"? Таким образом, все будет отображаться правильно, даже если у пользователя отключен JS.
<!--[if lt IE 7]>
<link type="text/css" rel="stylesheet" media="all" href="ie6.css" />
<![endif]-->
Тогда в вашем ie6.css вы можете иметь такое правило:
#someselector {
position: relative;
left: 40px;
}