Ваш код не работает, потому что вы пытаетесь установить время ожидания для строки, а не для функции:
function timedCount() {
var elapsedTime = Date.now() - startTime;
document.getElementById("timer").innerHTML = (elapsedTime / 1000).toFixed(3);
t = setTimeout("timedCount()", 100);
}
Изменить эту строку:
t = setTimeout(timedCount, 100);
И это должно работать.