var houses = repo.Where(x => x.RoomsList.Any(y => y.Length > 2));
Возвращает все элементы из Домов, у которых есть хотя бы одна Комната в своем Списке комнат, длина которого больше 2.
Если вы хотите, чтобы для каждого дома были только комнаты длиной более 2 метров, вы можете использовать это:
var roomsList = houses.Select(x => new
{
x.House,
Rooms = x.RoomsList.Where(y => y.Length > 2)
});